互作转录组测序技术Dual RNA-seq，是研究宿主和微生物互作的技术，无需分离物种，一次实验同时分析两个或多个互作物种间基因表达的动态变化，并通过互作模型图获得物种间基因的调控关系，得到物种间相互作用的机制。
最初互作转录组测序技术主要应用于一些疾病研究上如感染性肺炎、炎症性肠病、龋齿、牙周炎等常见慢性感染性疾病上。后来，互作转录组延伸到肠道、呼吸道、皮肤、口腔微生物等研究，从单纯的原核微生物到后来的真核微生物互作。再之后，植物-微生物互作也被广泛研究。
技术路线
图.Dual RNA-seq实验流程：W.T. et. al,2017
技术应用
医学领域
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研究病原体致病机制；
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探索宿主免疫应答机制。
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农业领域
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动植物病虫害防治；
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生物共生关系研究。
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实验方案
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步骤 |
产品推荐 |
产品货号 |
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宿主-微生物共提取 |
MolPure® Magnetic Pathogen DNA/RNA Kit 磁珠法病原DNA/RNA提取试剂盒 |
18306ES |
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gDNA消化 |
Deoxyribonuclease I (DNase I) from bovine pancreas |
10607ES |
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rRNA去除或者polyA捕获 |
磁珠法微生物核糖体去除盒+磁珠法被子植物核糖体去除试剂盒 （植物-微生物互作） 或 磁珠法哺乳动物通用核糖体去除试剂盒+磁珠法原核微生物核糖体去除试剂盒（动物-微生物互作） |
12262ES+12264ES或12266ES+12264ES |
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Hieff NGS® mRNA Isolation Master Kit V2 （polyA 捕获，适合互作微生物为真菌） |
12629ES |
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total RNA建库 |
Hieff NGS ® EvoMax RNA Library Prep Kit（dUTP） |
12340ES |
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测序 |
Illumina或者MGI |
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建议实验时，选择带UMI标签的接头，如13370ES~13371ES（Illumina）/13367ES~13368ES（MGI） |
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（该实验方案参考文献编写）
要点强调：
Dual RNA-seq的关键点有两个，一个是样本的选择，需要取到被感染到的样本，但是取到了被感染的样本，寄生微生物的量也很有可能比较低比如取被寄生的植物叶片或根茎，提取 RNA，那么绝大部分都是植物的 RNA、取动物组织，提取 RNA，那么绝大部分还是被感染动物的 RNA等情况。 二是生信分析，dual RNA-seq生信分析时，需要有感染前后的差异比较以及差异基因是否参与了互作影响的精细分析。
参考文献：
1、Westermann A J, Barquist L, Vogel J. Resolving host-pathogen interactions by dual RNA-seq[J]. Plos Pathogens, 2017, 13(2):e1006033.
2、Wolf T, Kämmer P, Brunke S, et al. Two's company: studying interspecies relationships with dual RNA-seq[J]. Current Opinion in Microbiology, 2017, 42:7.
3、Marsh JW, Humphrys MS, Myers GSA. A Laboratory Methodology for Dual RNA-Sequencing of Bacteria and their Host Cells In Vitro. Front Microbiol. 2017 Sep 21;8:1830.