胰腺癌，尤其是胰腺导管腺癌（PDAC），是全球癌症相关死亡的第三大原因。由于其肿瘤微环境复杂，突变负荷较低，传统的免疫疗法（如免疫检查点抑制剂等）收效甚微。因此需要对胰腺癌抗原谱进行更广泛的研究和筛选。

近年来研究已经发现，肿瘤细胞可以通过翻译部分非编码基因元件（长链非编码RNA、（lncRNA）、5′或3′非翻译区（UTR）以及替代阅读框（intORFs）等）产生“非典型”肽（cryptic peptides）。相对于肿瘤细胞，这些肽在健康组织中检测频率极低，且可被人白细胞抗原I类（HLA-I）分子呈递，因此具有作为免疫治疗靶点的巨大潜力。不过，在胰腺癌等大部分实体瘤中，非典型肽的研究仍旧不足。尤其非经典HLA-I结合肽（ncHLAp）的肿瘤限制性和免疫原性尚不完全清楚。

2025年5月8日，MIT及哈佛医学院研究团队在顶刊Science发表论文“Pancreatic cancer–restricted cryptic antigens are targets for T cell recognition”。研究团队使用患者来源的类器官（PDO），在体外重现并捕捉了胰腺癌患者个性化的分子及细胞特征，从而鉴定并深入评估了胰腺癌中ncHLAp的免疫原性。此外，研究团队还识别和分离了ncHLAp的T细胞受体（TCR），证明其具有肿瘤杀伤潜力。

由于恶性细胞在胰腺癌中占比较低（仅占胰腺原发性病变和转移性 PDAC 病变中总细胞质量的20-30%），为了对其富集以便高分辨率蛋白质组学分析，研究团队利用胰腺癌患者的肿瘤组织获得了在体外自组织的3D类器官平台（PDO）。

肿瘤微环境中的非肿瘤细胞（如基质细胞和免疫细胞等）可能也参与贡献HLAp，因而影响免疫组学数据的解读。在使用PDO富集肿瘤细胞并去除无关干扰后，研究人员发现，突变检测的灵敏度及对肿瘤源肽的特异性均有显著提升。

图：PDO可对胰腺癌免疫肽组进行高分辨率表征

在11个经过确认具有完整HLA-I表面表达和干扰素-γ (IFN-γ) 反应性的PDOs中，研究者们共鉴定出超过91,000个不同的HLAp肽，每个患者样本中检测到的HLAp数量在8,000到18,500之间，所获得的肽大多为8到11个氨基酸长度，符合HLA-I结合肽的典型特征。

以上结果证明，PDO是以高分辨率表征筛选胰腺癌HLA-I的良好体外平台。

接下来，研究团队使用患者特异性突变扩大了每个PDO样本的蛋白质组学搜索空间，以探寻突变衍生的可能成为免疫治疗靶点的新表位（mutHLAp）。结果表明，尽管mutHLAp存在于部分样本中，但由于PDAC的突变负荷较低，其在大部分PDAC样本中并不常见，临床转化潜能较低，需要转而探索ncHLAp等其他抗原肽。

图：胰腺癌免疫肽组中隐蔽表位的检测

通过进一步扩大免疫肽组学搜索空间，研究人员接下来在11个PDO系中检测到了1722个ncHLAp，其在每个PDO中占总免疫肽组的2.2%至 10.1%，比mutHLAp更为富集。从PDO中鉴定出的ncHLAp的肽长度和 nuORF 生物型分布与原代肿瘤高度相似，表明PDO忠实还原了胰腺癌的患者特异性免疫特征。

值得注意的是，30.2%的非典型肽在任何健康组织中都未被检测到，这些只在肿瘤中表达的肽因此被称为肿瘤限制性非典型肽（CR ncHLAp），需要进一步探索作为临床靶点的价值。

研究团队接下来使用高度敏感的体外T细胞激活和扩增平台，共评估了1100余种细胞毒性T淋巴细胞（CTL）和肽的组合。最终发现36.3%（12/33）的CR ncHLAp具有显著高于非CR ncHLAp的免疫原性（36.3%对8.7%）。

总而言之，CR ncHLAp免疫原性的比例和强度与更传统的肿瘤新抗原（mutHLAp，38.5%表现出免疫原性）相当。这一发现表明，肿瘤限制性CR ncHLAp可能非常适用于免疫治疗，例如TCR-T细胞疗法、疫苗或T细胞接合剂等。

图：PDAC 特异性CR ncHLAp 表现出免疫原性潜力

研究团队将可特异性识别肿瘤限制性CR ncHLAp的T细胞受体(TCR)转导进敲除了内源性TCR的T细胞中，以验证其识别PDO中CR nUHLAp及发挥细胞毒性的能力。

实验结果显示，这些TCR-T细胞在体外和体内模型中都表现出了强大的抗肿瘤活性，能够特异性地识别并杀死表达内源性非典型抗原的胰腺癌类器官。特别是针对NU11肽的TCR001和TCR012，在体外实验中显示出极高的结合亲和力（EC 50分别为 3.7 和 4.3 pg/ml）。

皮下移植PDAC PDO至无胸腺小鼠体内，发现注射TCR 001-T可重定向T细胞，并显著延迟肿瘤进展（P < 0.001）。

该结果表明，靶向胰腺癌中的隐蔽抗原具有开发为疗法的价值。

图：CR ncHLAp 特异性 T 细胞可以在体内和体外识别并杀死胰腺癌类器官