蛋白质翻译后修饰（Post-Translational Modifications, PTMs）广泛参与细胞信号转导、代谢调控、基因表达等关键生命过程，其动态变化往往是疾病发生、发展及治疗响应的重要分子标志。随着质谱技术的快速发展，靶向PTM分析成为解析复杂生物系统调控机制的有力工具。相比全局蛋白组学，靶向分析聚焦于特定修饰类型及其关键位点，具备更高的检测灵敏度与定量精度。

一、靶向PTM分析流程概览

靶向PTM分析通常包括以下几个关键步骤：

1、实验设计与样本准备

一切精准的蛋白质修饰分析，都始于科学合理的实验设计。这一步需要明确：

• 研究目的（如通路机制、靶点验证、药物作用分析等）
• PTM类型（如磷酸化 vs. 乙酰化，其样品处理方式差异很大）
• 样本数量与类型（细胞、组织、血清、FFPE等）
• 定量策略（如label-free、TMT/iTRAQ、SILAC等）

样本准备时需特别注意抑制修饰酶活性（如磷酸酶或脱乙酰酶），以避免修饰丢失。

2、蛋白提取与酶切

针对PTM分析，蛋白提取过程应采用高效裂解液（含适当抑酶剂），确保目标修饰的稳定性。常用的酶切方式包括：

• 胰蛋白酶（Trypsin）：最常见，适用于大多数PTM
• Lys-C、Glu-C等：用于提高特定修饰位点的覆盖度

值得注意的是，某些修饰（如泛素化）在酶切后可能产生特异性修饰肽段，需特殊识别。

3、修饰肽富集（PTM Enrichment）

这是靶向PTM分析中最关键的一步。由于大多数修饰肽在全蛋白组中丰度极低，富集策略的选择将直接决定分析深度与质量。

常见富集方法包括：

4、高分辨率质谱分析（LC-MS/MS）

富集后的修饰肽需通过高灵敏度的质谱平台进行检测。推荐使用以下系统：

• Orbitrap Exploris 480
• Q Exactive HF-X
• timsTOF Pro 2（适用于短梯度、高通量分析）

数据采集方式根据研究目的可选择：

• DDA（Data-Dependent Acquisition）：适合修饰位点筛查
• PRM/SRM（靶向质谱）：适合已知修饰位点的定量验证
• DIA（Data-Independent Acquisition）：兼顾全面性与定量稳定性

5、数据分析与修饰位点注释

数据分析主要包括：

• 原始数据处理（如MaxQuant, Proteome Discoverer, Spectronaut等）
• 修饰位点鉴定与定位可信度评估（Site Localization Score）
• 定量分析（相对定量 or 绝对定量）
• 富集分析（GO, KEGG）
• 动态变化趋势分析（时间点或处理组间比较）

此外，针对磷酸化等可逆修饰，还需评估其调控意义与通路上下游关系。

二、百泰派克生物科技在靶向PTM分析中的优势

在靶向PTM分析领域，百泰派克生物科技凭借先进质谱平台 + 多维富集策略 + 高质量数据分析流程，可为客户提供：

• 高特异性修饰肽富集方案定制
• 超灵敏检测低丰度修饰位点
• 靶向修饰定量与验证服务（支持PRM/SRM）
• PTM动态变化与功能富集整合分析

无论您关注的是信号通路调控、靶点发现还是药效机制研究，我们都能为您量身打造高质量的靶向PTM研究解决方案。

靶向PTM分析流程涉及从样本制备到质谱检测再到数据解读的多个关键环节，每一步都直接影响修饰位点的检出效率和定量准确性。选择合适的富集策略与定量方法，结合高分辨率质谱平台和严谨的数据分析流程，才能真正挖掘翻译后修饰在生命过程中的调控机制。如您正在开展或计划进行PTM相关研究，欢迎联系我们百泰派克生物科技的技术团队，获取一对一分析建议与实验设计支持。

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百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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